Porty w Szczecinie i Świnoujściu przygotowane są do przyjęcia ładunków niebezpiecznych. Posiadają zarówno magazyny dla obsługi ładunków niebezpiecznych, jak i place składowania kontenerów z towarami niebezpiecznymi.

System bezpieczeństwa i ochrony obiektów administrowanych przez ZMPSiŚ SA podlega wewnętrznym oraz zewnętrznym uregulowaniom, gdzie zgodnie ze strategią zapewnienia bezpieczeństwa i ochrony zostały utworzone wewnętrzne procedury postępowania w sytuacjach awaryjnych oraz system powiadamiania o zagrożeniach. Poprzez zintegrowanie tych systemów w portach w Szczecinie i Świnoujściu realizowany jest m.in. transport materiałów niebezpiecznych oraz o przeznaczeniu wojskowym lub policyjnym na wyznaczonych obiektach portowych. Transport ten odbywa się w oparciu o:

• Plany Zapewnienia Bezpieczeństwa Towarów Wysokiego Ryzyka (TWR) na bocznicach kolejowych oraz Towarów Dużego Ryzyka (TDR) na drogach kołowych obiektów: Drobnica Port Szczecin, Bulk Cargo Szczecin, Port Handlowy Świnoujście i Terminal Promowy Świnoujście;
• Instrukcje Bezpiecznej Obsługi materiałów niebezpiecznych operatorów wykonujących usługi na rzecz przeładunku materiałów niebezpiecznych;
• Dobrą praktykę i doświadczenie operatorów przeładunkowych, posiadających Kod Podmiotu Gospodarczego NATO podczas obsługi wojsk.

Wewnętrzny system odpowiedzi na zagrożenie jest realizowany wielokierunkowo. Za jego zastosowanie odpowiedzialne są wyznaczone osoby funkcyjne w strukturach przedsiębiorstw spedycyjnych, operatorów portowych zaangażowanych w prace na rzecz przeładunku materiałów niebezpiecznych oraz Zarządu Morskich Portów Szczecin i Świnoujście SA.