ZMPSiŚ S.A. na terenie obu portów posiada wyloty wód opadowych, ścieków ogólnospławnych, ścieków przemysłowych, a także wyloty wód porefulacyjnych. Wszystkie ścieki przed wprowadzeniem do odbiornika, rzeka Odra w Szczecinie, a w Świnoujściu rzeka Świna poddawane są podczyszczeniu.

Ścieki sanitarne z większości terenu portu w Szczecinie odprowadzane są do oczyszczalni ścieków Ostrów Grabowski. Eksploatację tej oczyszczalni prowadzi Spółka Wodna  "Międzyodrze"http://www.miedzyodrze.pl/

Natomiast ścieki sanitarne z terenu portu w Świnoujściu odprowadzane są do miejskiej oczyszczalni ścieków w Świnoujściu oraz do portowej oczyszczalni ścieków, której eksploatatorem jest ZMPSiŚ S.A.

Badania analityczne jakości odprowadzanych ścieków do basenów portowych prowadzone są przez akredytowane Laboratorium Badań Środowiska i Higieny Pracy Zarządu Morskich Portów Szczecin i Świnoujście S.A.

Zgodnie z posiadanymi decyzjami wodnoprawnymi, ZMPSiŚ S.A. wykonuje sześć razy do roku badania analityczne oczyszczonych ścieków przemysłowych wprowadzanych do wód powierzchniowych. W przypadku ścieków deszczowych prowadzone są badania z częstotliwością dwa razy do roku, bądź przeglądy eksploatacyjne urządzeń oczyszczających.

Badane parametry nie przekraczają nałożonych warunków w decyzjach wodnoprawnych.

Zgodnie z przepisami rozporządzenia Ministra Środowiska w sprawie wymagań w zakresie prowadzenia pomiarów poziomów w środowisku substancji lub energii zarządzającego drogą, linią kolejową, linią tramwajową, lotniskiem i portem (Dz.U. nr 192, poz. 1392 z 2007 roku) Laboratorium Badań Środowiska i Higieny Pracy Zarządu Morskich Portów Szczecin i Świnoujście S.A., wykonuje dwa razy do roku badania czystości wód portowych stanowiących infrastrukturę portową.

W porcie Szczecinie zlokalizowanych jest 15 punktów kontrolno-pomiarowych, natomiast w porcie Świnoujściu 6 punktów.

W celu zapewnienia wysokiego poziomu czystości akwenów portowych w porcie w Szczecinie i w Świnoujściu wody portowe oczyszczane są z części stałych oraz substancji ropopochodnych kilka razy w tygodniu.